La corporación Kaiba organiza un torneo para comprobar quién es el mejor Duelista de Ciudad Domino. Tendrás que ganar las cartas de varios Duelistas para avanzar en la historia y desbloquear nuevas zonas.

Una vez derrotes a todos tus adversarios hasta obtener las seis Cartas Localizadoras, te enfrentarás a Yuhi, Kaiba y Marik. También podrás tomarte la libertad de desafiar a otros Duelistas a lo largo de tu viaje.