El título ofrece varios modos de juego, el modo Historia, se podrá explorar el mundo en busca de personajes a los cuales retar mediante partidas de cartas.

Además también tendremos el modo Campeonato del Mundo de Yu-Gi-Oh!, en el que combatiremos con nuestro mazo, para conseguir todas las cartas del juego, 2.500 en total. Además, a través de la conexión WiFi se podrán jugar partidas 2 vs 2 en modo multijugador.