'NieR: Automata' es la continuación de 'Nier'. El esta entrega unos invasores de otro mundo han atacado inesperadamente desplegando su arma secreta: unas formas de vida mecánicas. En vista de semejante amenaza, la humanidad se ve obligada a abandonar la Tierra y refugiarse en la luna. Los humanos preparan un ejército de soldados androides para acabar con las hordas de enemigos mecanizados, pero solo logran frenar su avance.
A fin de obtener una ventaja decisiva, despliegan una nueva unidad de infantería androide denominada YoRHa. La guerra entre las máquinas y los androides se vuelve cada vez más encarnizada en un lugar abandonado. Una guerra que pronto pondrá al descubierto la verdad sobre este mundo.