Los usuarios controlarán a un número de personajes legendarios de las Fuerzas Especiales del universo Metal Gear que son enviados a misiones individuales de espionaje en las instalaciones de las bases enemigas o en enormes junglas.
Sólo y acorralado por enemigos, el jugador deberá exprimir sus habilidades hasta el límite.
Es ahí donde reside el secreto de la popularidad de la saga: el desafío mental de cómo resolver o evadir la confrontación cuando es posible, y la emoción de infiltrarse sin ser detectado en territorio enemigo.