'Mega Man X' se desarrolla cien años después de que las aventuras del Mega Man original tuvieran lugar. El protagonista es X, un robot de una nueva generación que debe hacer frente a la amenaza de los reploides con la ayuda de Zero, un cazador de robots rebeldes.

Al igual que Mega Man, X deberá abrirse camino a través de fases llenas de peligros y derrotar a los jefes finales para hacerse con sus armas. Sin embargo, X está un paso por delante de Mega Man y puede esprintar, escalar muros y conseguir piezas que mejoran sus habilidades.