Este 'Mega Man' lanzado para GameCube sitúa la historia tras los hechos ocurridos en los dos primeros juegos de 'Mega Man Battle Network' de Game Boy Advance, donde los protagonistas intentan detener el peligroso virus informático llamado Zero de destruir todo el ciberespacio.

Guía a Mega Man a través de niveles de scroll lateral del mismo ciberespacio para encontrar los bytes enemigos, ayudado de una gran variedad de armas y defensas activables a través de chips y de tus habilidades que puedes mejorar según avances. Derrota a los jefes finales de cada nivel, resuelve los puzzles que encontrarás en tu camino y evita que que el virus se haga con el control.