Una gigantesca explosión espacial ha producido que dos extraños meteoritos hayan colisionado en la superficie de la tierra. Al mismo tiempo una llamada de ayuda ha llegado a su fin, y Mega Man no tarda en salir velozmente hacia el lugar del siniestro.

Pero cuando llega al lugar de los hechos el Dr. Wily sale a escena. Ahora Mega Man tiene que descubrir el secreto tras los misteriosos meteoritos en una carrera contrarreloj para estar siempre un paso por delante de su archienemigo y su mortal raza de super robots.