El rey Zephiel de Bern, después de haber conquistado numerosos reinos  del continente Elibe pone su mirada sobre Lycia. Roy, junto con la Alianza de Lycia se pone en camino para salvar su reino y proteger a la princesa Guinivere, hermana de Zephiel. 

La historia tiene lugar 20 años después de la secuela Fire Emblem y muchos personajes como Eliwood, el padre de Roy; Hector, Murdock, Zephiel o Guinivere también aparecen en la historia.