El mundo submarino ha experimentado una metamorfosis de un entorno tranquilo a un lugar de violencia sin parangón con despiadados asesinos y aterradores peligros. Nos encontramos en el siglo XXVII y mercenarios como Emerald Dead Eye Flint ejercen su mortífero oficio entre las belicosas fuerzas del hombre y la naturaleza.

El jugador asume el papel de Flint, encabezando una fuerza vagamente alineada de mercenarios que se ofrecen a los poderosos líderes de este inhóspito mundo. Los jugadores acometerán feroces batallas contra mercenarios enloquecidos, poderosas fuerzas militares y horrendos monstruos marinos. El ritmo frenético no cesa jamás en 'Aquanox', toda una descarga de adrenalina para los jugones de hoy.